Conformément à l’article 10 du Décret n°2001-0184/PR/MHUEAT du 08 septembre 2001,
Le Fonds de l'habitat est administré par un Conseil de Gestion dont la composition de 9 membres.

Le Conseil de Gestion est composé de :
 Le Directeur de l’Habitat et de l’Urbanisme (Président du conseil)
 Le Commissaire de la République, chef du District de Djibouti 
 Le Directeur des Finances,   
 Le Directeur des Recettes et des Domaines
 Le Directeur Général de la Société Immobilière de Djibouti
 Un Représentant du Ministère Délégué à la Coopération Internationale
 Un Délégué des instances régionales dûment mandaté par les 4 conseils régionaux,
 Un Représentant des organisations professionnelles du BTP dûment mandaté par
l’association du Patronat djiboutien
 Un Représentant de l'Union Nationale des Femmes Djiboutiennes
 

Le Conseil de gestion se réunit au moins 3 (trois) fois par an et prend ses décisions à la
majorité simple des voix. En cas d’égalité, la voix du Président sera prépondérante. Tout
programme d’activités du Fonds doit recevoir l’accord préalable du Conseil de Gestion.